Die Entstehung der Ev. Pfingstkirchengemeinde hat eine rund 50 Jahre andauernde Vorgeschichte. Als Johann Hinrich Wichern im Jahre 1849 in der Friedenskirche predigte, gab er dem Hofprediger Albert Heym den Anstoß, in Potsdam die Gründung eines Vereines der Inneren Mission voran zu treiben. Diesem gehörten neben allen Potsdamer Geistlichen auch viele Potsdamer Bürger an. Eine der ersten Maßnahmen war die Errichtung einer „Rettungsanstalt für verwahrloste Knaben“ in Potsdam. Vorbild war das von Wichern begründete und von ihm geleitete „Rauhe Haus“ in Hamburg. Im Jahre 1851 war es dann soweit, im alten Jehnke’schen Weinbauernhaus an der Großen Weinmeisterstraße wurde die Rettungsanstalt eröffnet. Wegen der Nähe zum Pfingstberg wurde es kurz Pfingsthaus genannt. Als das Pfingsthausgebäude um das Jahr 1892 einer dringenden Reparatur bedurfte, stellte sich heraus, dass dieses nicht mehr den gewachsenen Anforderungen genügte. Ein Umbau stellte sich als zu teuer heraus. Das Kuratorium des Pfingsthauses wandte sich an die Kaiserin Auguste Viktoria mit der Bitte um Unterstützung, da die Geldmittel für einen Neubau nicht ausreichten. Die Kaiserin beauftragte ihren Oberhofmeister Ernst Freiherr von Mirbach, sich der Lösung dieses Problems anzunehmen.
Mirbach übernahm nach Gründung eines Bauvereines die Leitung und zog den Architekten Ludwig von Tiedemann hinzu, der gleichzeitig zum 2. Kurator bestimmt wurde. Bei dieser Gelegenheit wurde beschlossen, neben dem neuen Pfingsthaus auch eine Kapelle zu errichten, um der im Potsdamer Norden gestiegenen Einwohnerzahl gerecht zu werden. Am 4. Mai 1893 begann der Bau des neuen Pfingsthauses und der Kapelle. Noch während des Baues kam es zu einer Erweiterung des Kirchenraumes. Am 15. Oktober 1894 war es dann soweit, das neue Pfingsthaus und die Pfingstkapelle wurden von der Kaiserin ihrer Bestimmung übergeben. 1896 wurden ein Pfarrhaus und 1899/1900 um einen Gemeindesaal mit Witwenhaus zur Ergänzung errichtet. Im Jahre 1902 wurde die Pfingstkapelle in Pfingstkirche umbenannt und am 1. April 1910 wurden die Gemeindeglieder an der Pfingstkirche zur Pfingstgemeinde. Bis zu diesem Zeitpunkt war die Pfingstkirche eine Filiale der Friedenskirche gewesen.
Nach dem Tod der Kaiserin Auguste Viktoria im Jahr 1921 erhielt diese Kirche den Namen „Kaiserin-Auguste-Viktoria-Gedächtnis-Kirche“ – diesen Namen trug die Kirche bis 1946. Mit der Pensionierung Pfarrer Theodor Krummachers im Jahre 1934 wurde eine Neubesetzung der Pfarrstelle notwendig. Mit der Machtergreifung der Nationalsozialisten im Jahre 1933 begannen intensive Bemühungen zur Gleichschaltung auch der Evangelischen Kirch in Deutschland. Die als „Kirchenkampf“ bezeichnete Entwicklung führte zur Spaltung innerhalb der evangelischen Kirche in die „Deutschen Christen“ und die Bekennende Kirche. Die Anhänger der beiden Gruppierungen innerhalb der Gemeinde lieferten sich heftige Auseinandersetzungen, die darin gipfelte, dass den Gemeindegliedern der Bekennenden Kirche der Zugang zur Pfingstkirche verwehrt wurde. Als Pfarrer wurde der Vertreter der „Deutschen Christen“ Friedrich von der Heydt gewählt, der sein Amt jedoch erst nach mehreren Einsprüchen im Jahre 1937 antreten konnte. Seine Tätigkeit in der Gemeinde endete 1948 mit seiner Versetzung nach Berlin. Erst danach fanden die Gemeindeglieder unter behutsamer Begleitung des damaligen Superintendenten Stolte und des neuen Pfarrers Theodor Hunsche wieder zusammen.
Die Besetzung vieler Häuser um die Pfingstkirche herum durch die sowjetische Armee nach dem Ende des 2. Weltkrieges hatte gravierende Auswirkungen auf das Gemeindeleben. Das Pfingstgelände war nur stark eingeschränkt erreichbar. Das Witwenhaus mit dem Gemeindesaal wurde ebenfalls besetzt und von dem Gemeindegebiet durch eine stark bewachte Grenze abgetrennt und dem Hochsicherheitsgebiet des „KGB Städtchens“ zugeschlagen.
Unter den neuen Machthabern in der DDR wurde die strikte Trennung von Kirche und Staat vollzogen und versucht, den Einfluss der Kirche, wo immer möglich, zurück zu drängen. Dieser äußere Druck machte aus dem Kern der Gemeinde eine sehr enge und vertraute Gemeinschaft. Von der Gemeinde wurde unter den schwierigen Bedingungen der Evangelische Kindergarten auf dem Gelände unterhalten, der noch heute unter der Leitung der Hoffbauer - Stiftung existiert.
Seit 1977 gehört die Gemeinde Sacrow zur Pfingstgemeinde, obwohl die Heilandskirche Sacrow seit dem Mauerbau 1961 durch die Grenzanlagen nicht mehr zugänglich und so dem Verfall preisgegeben war.
Nach der Wende 1989 und dem Abzug der russischen Truppen im Jahr 1994 aus der näheren Umgebung konnte die Gemeinde wieder ungestört wachsen. Das Witwenhaus mit dem Gemeindesaal wurde wieder der Gemeinde übertragen und beherbergt heute die Evangelische Grundschule. Die Zahl der Gemeindeglieder hat sich in den letzten 25 Jahren etwa verdoppelt. Auch die Heilandskirche Sacrow wurde wieder zugänglich und konnte aufwändig restauriert werden (siehe dazu auch: Geschichte der Heilandskirche Sacrow). Es erscheint wie ein Wunder, dass die Heilandskirche nach der Wende von der Gemeinde unter Beteiligung und durch die Unterstützung vieler Spender heute in voller Schönheit wieder hergestellt für Gottesdienste und Besucher zugänglich ist.
