Die Entstehung der Evangelischen Pfingstkirchengemeinde hat eine rund 50 Jahre andauernde Vorgeschichte. Als Johann Hinrich Wichern im Jahre 1849 in der Friedenskirche predigte, gab er damit Hofprediger Albert Heym den Anstoß, in Potsdam die Gründung eines Vereines der Inneren Mission voran zu treiben. Diesem gehörten neben allen Potsdamer Geistlichen auch viele Potsdamer Bürger an. Eine der ersten Maßnahmen war die Errichtung einer „Rettungsanstalt für verwahrloste Knaben“ in Potsdam. Vorbild war das von Wichern begründete und von ihm geleitete „Rauhe Haus“ in Hamburg. Im Jahre 1851 war es dann soweit und im alten Jehnke’schen Weinbauernhaus an der Großen Weinmeisterstraße wurde die Rettungsanstalt eröffnet. Wegen der Nähe zum Pfingstberg wurde es kurz „Pfingsthaus“ genannt. Als das Pfingsthausgebäude um das Jahr 1892 einer dringenden Reparatur bedurfte, stellte sich heraus, dass dieses nicht mehr den gewachsenen Anforderungen genügte. Ein Umbau stellte sich als zu teuer heraus. Das Kuratorium des Pfingsthauses wandte sich mit der Bitte um Unterstützung an Kaiserin Auguste Viktoria, da die Geldmittel für einen Neubau nicht ausreichten. Die Kaiserin beauftragte ihren Oberhofmeister Ernst Freiherr von Mirbach, sich der Lösung dieses Problems anzunehmen.
Mirbach übernahm die Leitung eines eigens gegründeten Bauvereines und zog den Architekten Ludwig von Tiedemann hinzu, der gleichzeitig zum 2. Vereinskurator bestimmt wurde. Bei dieser Gelegenheit wurde beschlossen, neben dem neuen Pfingsthaus auch eine Kapelle zu errichten, um der im Potsdamer Norden gestiegenen Einwohnerzahl gerecht zu werden. Am 4. Mai 1893 begann der Bau des neuen Pfingsthauses nebst Kapelle. Noch während des Baues kam es zu einer Erweiterung des Kapellenraumes. Am 15. Oktober 1894 war es dann soweit und das neue Pfingsthaus und die Pfingstkapelle wurden von Kaiserin Auguste Viktoria ihrer Bestimmung übergeben. 1896 wurden ein Pfarrhaus und 1899/1900 ein Gemeindesaal mit Witwenhaus zur Ergänzung errichtet. Im Jahre 1902 wurde die Pfingstkapelle in „Pfingstkirche“ umbenannt. Am 1. April 1910 wurden die Gemeindeglieder an der Pfingstkirche zur eigenständigen Pfingstgemeinde. Bis zu diesem Zeitpunkt war die Pfingstkirche eine Filiale der Friedenskirche. Nach dem Tod von Kaiserin Auguste Viktoria im Jahr 1921 erhielt die Kirche den Namen „Kaiserin-Auguste-Viktoria-Gedächtnis-Kirche“. Diesen Namen trug die Kirche bis 1946.
Mit der Pensionierung Pfarrer Theodor Krummachers im Jahre 1934 wurde eine Neubesetzung der Pfarrstelle notwendig. Mit der Machtergreifung der Nationalsozialisten im Jahre 1933 begannen intensive Bemühungen zur „Gleichschaltung“ der Evangelischen Kirche in Deutschland. Die als „Kirchenkampf“ bezeichnete Entwicklung führte zur Spaltung innerhalb der Evangelischen Kirche in „Deutschen Christen“ und „Bekennende Kirche“. Die Anhänger der beiden Gruppierungen innerhalb der Gemeinde lieferten sich heftige Auseinandersetzungen, die darin gipfelten, dass den Gemeindegliedern, die sich zur „Bekennenden Kirche“ hielten, der Zugang zur Pfingstkirche verwehrt wurde. Als Pfarrer wurde der Vertreter der „Deutschen Christen“ Friedrich von der Heydt gewählt, der sein Amt jedoch erst nach mehreren Einsprüchen im Jahre 1937 antreten konnte. Seine Tätigkeit in der Gemeinde endete 1948 mit seiner Versetzung nach Berlin. Erst danach fanden die Gemeindeglieder unter behutsamer Begleitung des damaligen Superintendenten Konrad Stolte und des neuen Pfarrers Theodor Hunsche wieder zusammen.
Die Besetzung vieler Häuser um die Pfingstkirche herum durch die sowjetische Armee nach dem Ende des 2. Weltkrieges hatte gravierende Auswirkungen auf das Gemeindeleben. Das Pfingstgelände war nur stark eingeschränkt erreichbar. Das Witwenhaus mit dem Gemeindesaal wurde besetzt, vom übrigen Gemeindegelände durch eine stark bewachte Grenze abgetrennt und dem Hochsicherheitsgebiet des „KGB Städtchens Nr. 7“ zugeschlagen. Unter den neuen Machthabern in der DDR wurde die strikte Trennung von Kirche und Staat vollzogen und versucht, den Einfluss der Kirche, wo immer möglich, zurück zu drängen. Dieser äußere Druck machte aus dem Kern der Gemeinde eine sehr enge und vertraute Gemeinschaft. Von der Gemeinde wurde unter schwierigen Bedingungen der Evangelische Kindergarten auf dem Gelände unterhalten, der heute unter Trägerschaft der Hoffbauer-Stiftung fortgeführt wird.
Seit 1977 gehört die Gemeinde Sacrow zur Pfingstgemeinde, obwohl die Heilandskirche Sacrow seit dem Mauerbau 1961 durch die Grenzanlagen nicht mehr zugänglich und so dem Verfall preisgegeben war. Die Heilandskirche Sacrow wurde im Dezember 1989 für die Öffentlichkeit wieder zugänglich und konnte aufwändig restauriert werden (siehe dazu auch: Geschichte der Heilandskirche Sacrow). Es erscheint wie ein Wunder, dass die Heilandskirche nach der Wende von der Gemeinde unter Beteiligung und durch die Unterstützung vieler Spender heute in voller Schönheit wieder hergestellt für Gottesdienste und Besucher zugänglich ist.
Nach dem Abzug der russischen Truppen im Jahr 1994 konnte die Gemeinde wieder wachsen. Das Witwenhaus mit dem Gemeindesaal wurde der Gemeinde rückübertragen und beherbergt seit 1998 die Evangelische Grundschule Potsdam. Das Jehnke’sche Weinbauernhaus wurde mit Dienstantritt von Pfarrer Stephan Krüger im Jahre 2016 als Pfarrhaus gewidmet. Das ehemalige Pfarrhaus wird seitdem als Gemeindezentrum genutzt.